在鲧被斩杀的时候，东海方丈岛乾坤殿内，闭目静修体悟天道的乾坤老祖却是突然睁开了双眸，唤来青崖童子，让他前去三仙岛将云霄仙子叫来。
待得云霄前来拜见之后，乾坤老祖便是对其吩咐道：“人族如今是虞舜当政，天下出现了很大的水患。人族重臣鲧治水不利，被虞舜命人斩杀。而他的儿子，也就是五帝中的最后一位将在其尸身内诞生。你去将这孩子救下，送到鲧的妻子那里，交由她来抚养。而你，得负责教导这孩子，助他得证人皇道果。”
“是，老师！”欣喜应了声的云霄仙子，连忙离开方丈岛往洪荒大陆而去，到了人族，救出鲧尸体中诞生的大禹，将之送到了鲧的妻子那里。
禹慢慢长大之后，得知了自己父亲之事，便决定为父亲一雪前耻，平定水患。于是，他东奔西走，寻找治水良策。
三十岁时，禹在涂山遇到了涂山氏之女女娇，一见钟情，与女娇结为夫妻。女娇本家是东夷强大的涂山氏，且涂山氏尚处于母系制后期，禹只能做了上门女婿，不过也因此得到了东夷的强大支持，有了立业之基。不过为了治水，禹还是忍痛离开了新婚的妻子，再次踏上了治水征程。
考察天下河流山川之后，禹制定了治水之法，并且亲自去求见虞舜，献上了治水之法。
虞舜亲自接见了他，听了他对治水的看法之后，大为赞同，遂让他主持治水。
禹总结了父亲治水失败的教训，改堵为疏，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。他带领着治水的百姓，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。
禹为了治水，费劲脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息，和妻儿演绎了一场三过家门而不入的传奇故事。
在开山凿道的过程中，不免惊动引来一些山林中的妖族袭击。禹修炼不高，无奈只能求助于云霄仙子。云霄仙子遂将离开方丈岛前乾坤老祖特意赐予他的开山斧以及定海神针交给了禹。那开山斧不但能够轻易劈开大山，对付妖族也是利器，而定海神针更可测量水位，也是禹用来治水的好工具。
不过，在治水的过程中，禹依旧是遇到过自己解决不了的麻烦。比如那淮水无之祁，他乃先天四大灵猴之一的赤尻马猴，善于变化，力敌九龙，且善于控水，就连水神共工也不敢称在控水之术上稍胜他一筹。虽无人教导，但无之祁凭借着天赋异禀，还是修炼到了大罗层次。且凭借着避祸延死的神通，在之前的量劫和诸多危险中得以生存至今。
禹不过天仙修为，哪怕有着开山斧在手，也并非无之祁的对手。所幸关键时刻云霄仙子来了，帮禹制服了无之祁。
云霄仙子本想将无之祁打杀的，可这猴子见势不妙慌忙讨饶。再加上紧接着白泽到来，亲自为无之祁求情，云霄仙子这才饶了他一命。随即，白泽看无之祁出身不凡、天赋不错，便收他做了徒弟。自此，方丈岛一脉终于有了一个本事修为拿得出手的三代弟子了。
没了无之祁的阻挠，禹接下来治水变得顺利了很多。足足花了十三年的功夫，禹不知开辟了多少山，疏浚了多少河流，修筑了多少堤坝，终于是使得天下河川都流向东海，从而根治了水患。
在洪水退去的潮湿泥土上，禹还给百姓籽粒，教他们种植水稻。
禹治水成功后，在人族自然有了极大的声望，甚至超过了当今人族的共主舜。
舜见禹如此本事和威望，遂将共主之位禅让给了禹。
禹几位之后，分封尧的丹朱于唐，分封舜的儿子商均于虞，改定历日为夏历，以建寅之月为正月。
而中原各部落也逐渐形成了以夏族为中心的领导集团，已经初步有了王权的性质。
而后禹重新将天下划分为九州，在云霄仙子的指点下铸造九鼎，以镇压人族九州的气运。
在禹的领导下，人族从大水的阴影中走出，进入了一个史无前例的辉煌时期。
禹铸九鼎而功德圆满，得证人皇道果，之后禅让于人族大贤伯益。可是人族之中，对伯益不满的有不少，其中反响最大的便是禹的儿子启，且支持启的人很多。这个时代的人心可不像以前那么单纯了，人们已经有了更多的利益私心牵扯影响。
启拉拢了诸多人族部落的首领之后，成功架空了伯益的权力，而后便发动政变，杀了伯益，以绝后患。
而后启自立为王，建立大夏王朝，标志着华夏历史上第一个封建王朝的建立，从此家天下的世袭制正式取代了禅让制。
再说禹这五帝中最后一位，因为治水之功，得证人皇道果后所得功德可不少。云霄仙子作为他的老师，在这个过程中也是出力不少，自然也是得了一笔可观的功德之力。凭借着这番功德，回到海外三仙岛闭关一番的云霄仙子，便是顺利斩去恶尸，成为了二尸准圣，修为直追白泽。
云霄仙子斩去二尸的瞬间，乾坤老祖便是知道了，因为同时位面证道系统冷硬的声音也是在其脑海中响了起来：“恭喜主人，为弟子谋划，教导三皇五帝，功德无量，两位弟子都突破成为二尸准圣，算是洪荒之中顶尖的大能了，可喜可贺，可得一万两千系统点奖励。”
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